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《萌菌物语》以一座架空的农学院为舞台，讲述了主人公泽木惣右卫门直保的爆笑大学生活。直保拥有可以看见常人看不见的“菌”的特异体质，而且能够听懂“菌语”。这种能力在直保所从事的领域简直可以称为“媲美3亿元电子显微镜的能力”，从而引起了一系列小小的骚动。